#! /bin/bash

PRMTOP=../../../1XCK_chainA_sol.prmtop
OUTPUT=myHbonds.dat

ptraj $PRMTOP hbond_ap_eq_a.ptraj >> $OUTPUT 
ptraj $PRMTOP hbond_ap_eq_b.ptraj >> $OUTPUT


ptraj $PRMTOP hbond_ap_int_a.ptraj >> $OUTPUT
ptraj $PRMTOP hbond_ap_int_b.ptraj  >> $OUTPUT
 

ptraj $PRMTOP hbond_int_eq_a.ptraj >> $OUTPUT
ptraj $PRMTOP hbond_int_eq_b.ptraj >> $OUTPUT

grep "| " $OUTPUT > tmp
mv tmp $OUTPUT