#!/bin/bash

for index in 1 2 3 4 5 6;
do
	TRAJ=30-50ns_noWAT_500frames_wATP_chain_${index}.mdcrd 
	
	cd backup
	sed 's/TRAJ/..\/'${TRAJ}'/g' _MMPBSA_ligtraj.in_MAL > _MMPBSA_ligtraj.in
        sed 's/TRAJ/..\/'${TRAJ}'/g' _MMPBSA_rectraj.in_MAL > _MMPBSA_rectraj.in

	ptraj ../../1XCK_chainAB_ATP_noWAT.prmtop _MMPBSA_ligtraj.in
	ptraj ../../1XCK_chainAB_ATP_noWAT.prmtop _MMPBSA_rectraj.in

	cd ..

	mpirun -np 4 MMPBSA.py.MPI.atp -O -i ../mmpbsa_atp.in -o FINAL_RESULTS_${index}.dat -sp ../1XCK_chainAB_ATP_noWAT.prmtop -cp ../1XCK_chainAB_ATP_noWAT.prmtop -rp ../1XCK_chainA_MGATP_noWAT.prmtop -lp ../1XCK_chainA_MGATP_noWAT.prmtop -y ${TRAJ}
done