trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_1.nc 2001 5000 5 trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_2.nc 2001 5000 5 trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_3.nc 2001 5000 5 trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_4.nc 2001 5000 5 trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_5.nc 2001 5000 5 trajin 50ns_noWAT_5000frames_chain_6.nc 2001 5000 5 rms first mass out rmsd_cis.out @CA trajout 20-50ns_noWAT_3600frames_ALL_cis.nc netcdf