#!/bin/bash
PRMTOP="../1XCK_sol.prmtop"
PREFIX="116_1XCK_apo_prod"
SUFFIX_ORIG=".mdcrd"
SUFFIX_REIMG="_reimg.nc"

C=1
END=106
#OFFSET=' 50 50 1 '
type="rmsd"
ptraj_file=${type}.ptraj

if [ -f $ptraj_file ]; then
	rm $ptraj_file
fi

let END=${END}+1
while [ $C -lt $END ]; do
	traj_orig=${PREFIX}${C}${SUFFIX_ORIG}
	traj_reimg=${PREFIX}${C}${SUFFIX_REIMG}
	
	if [ -f $traj ]; then
		echo 'trajin ../mdcrd/'${traj_orig} $OFFSET >> $ptraj_file 
	fi
	
	let C=${C}+1

done

echo `cat $type >> $ptraj_file`

/net/bccs/cbu/linux/amber9/exe/ptraj $PRMTOP $ptraj_file