#!/bin/bash

export AMBERHOME=/net/bccs/cbu/linux64/amber11

CORES=8

MMPBSA_IN="mmpbsa_per_res_decomp.in"
SP="1SX4_cis_groes_noWAT_MMPBSA.prmtop"
CP="1SX4_cis_groes_noWAT_MMPBSA.prmtop"
RP="1SX4_cis_noWAT_MMPBSA.prmtop"
LP="1SX4_groes_noWAT_MMPBSA.prmtop"

TRAJ="50ns_cis_groes_noWAT-noADP.nc"
        
mpirun -n $CORES python $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i ${MMPBSA_IN} -o FINAL_RESULTS.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ${SP} -cp ${CP} -rp ${RP} -lp ${LP} -y ${TRAJ}