Probleem met charmm: residu nummers moeten steeds vanaf 1 beginnen (dus structuur hernummert met genconf)

ook zien dat de juiste dirs aangemaakt worden: pdb, dcd, rst, ...

nakijken voor disulfide bruggen

inloggen op korgpil en dan:
/net/orinoco/apps/charmm/c33b1/exec/gnu/charmm_xxlarge < mini_helix.inp > mini_helix.out &

Voor charged membranes, regel aangepast:
gouy anfr 1.00 area 70. conc 0.03 offset 3.0 valence 1

en dan weer
/net/orinoco/apps/charmm/c33b1/exec/gnu/charmm_xxlarge < helix_1_zwit.inp > helix_1_zwit.out &